L'Université Fédérale s'organise autour de quatre départements - qui répondent aux grandes thématiques de l'enseignement supérieur : Formation et vie étudiante | Recherche, doctorat,valorisation | Relations européennes et internationales | Le réseau des campus universitaires - et des services qui viennent en appui à l'ensemble des membres du site dans les domaines de l'informatique, de la coopération documentaire, de l'aménagement et l'immobilier, des ressources humaines, de la communication, de la logistique, des affaires financières et de la comptabilité.

Les départements
Recherche, Doctorat et Valorisation - DRDV
Formation et Vie Étudiante - DFVE
Le département formation et vie étudiante a pour missions de coordonner et promouvoir l'offre de formation du site et d'améliorer la vie étudiante. Dans cette perspective, il anime et coordonne une politique commune des établissements
Quatre services composent le DFVE :
- Service formation
- Service InterUniversitaire de Pédagogie (SIUP)
- Service Vie étudiante
- Service Entrepreneuriat étudiant
Les services ressources
Service des Affaires Juridiques et Institutionnelles
La finalité du service est de sécuriser les décisions et les procédures de l’établissement, de la présidence et du DGS, et les activités des instances de l’Université Fédérale et, par un travail en amont, d’éviter les contentieux. Le service a d’abord contribué à professionnaliser la gestion des conventions signées par l’UFTMP, puis conforter la fonction « achats publics ».
Service des Affaires Financières
le service des affaires financières contribue, dans le respect des règles budgétaires et comptables, à une utilisation optimale des ressources pour
les actions de l’établissement. Le cœur du métier du Service des Affaires Financières (SAF) est le pilotage et le suivi des activités financières.
L'agence comptable
Le rôle de l’agence comptable est de tenir la comptabilité de l’établissement, de produire le compte financier annuel, d’assurer le règlement des dépenses, d’encaisser les recettes de l’établissement, de tenir et suivre la trésorerie en vue de la prévision budgétaire. Au-delà de ces attributions règlementaires, l’agence comptable dispense des conseils dans les domaines budgétaire, financier, comptable, juridique auprès de la communauté
financière.
Service des Ressources Humaines
le service des ressources humaines (SRH) a pour mission de recruter, intégrer, former accompagner et gérer l'ensemble des agents titulaires et non titulaires de l’établissement tout au long de leur carrière.
Les services inter-universitaires
Service numérique de l'Université de Toulouse - SNUT
Le rôle du SNUT est d’offrir un support permettant de pérenniser les actions initiées dans le cadre de l’Université Numérique en Région Midi-Pyrénées (UNR) et de favoriser la mutualisation de projets numériques.
le SNUT gère aussi l’ensemble des moyens informatiques mis à la disposition des services et départements de l'Université Fédérale.
Service inter-établissements de coopération documentaire - SICD
Le service inter-établissements de coopération documentaire a pour mission de mener à bien des actions de coopération entre les services communs de la documentation (SCD) des universités ou grands établissements de Toulouse et sa région. Ces actions incluent des actions de formation au niveau de l’Occitanie avec Médiad’oc et l’URFIST.
> Rendez-vous sur le site dédié du service inter-établissements de coopération documentaire.
Service Interuniversitaire de Médecine Préventive et de Promotion de la Santé - Le SIMPPS
Le SIMPPS est un service médical et social exclusivement réservé aux étudiants. Ils peuvent prendre des consultations sur rendez-vous avec des médecins généralistes, des spécialistes et des assistantes sociales. Il organise de nombreuses actions informatives et ludiques de prévention et de promotion de la santé autour de 5 thèmes : santé sexuelle, santé mentale, addictions, vaccination et la nutrition (alimentation et activité physique). Les associations étudiantes peuvent faire appel à ce service pour les aider à monter un projet ou participer à une manifestation.
Le Service Patrimoine et Moyens Généraux (SPMG)
Ce nouveau service Patrimoine et Moyens généraux* s’articule autour de 3 missions (portées par 3 pôles) :
- immobilier et aménagement
- maintenance-exploitation
- moyens généraux
*Engagé en 2009, le projet Toulouse Campus a conduit à un développement des compétences techniques au sein de l’établissement. Après quelques années de fonctionnement marquées par une autonomie du Service Immobilier et Aménagement, presque exclusivement consacré à l’opération Campus, et un développement des enjeux de Maintenance du patrimoine immobilier affecté à l’UFT, enjeux confiés au Service Maintenance et Moyens généraux, il apparaît désormais pertinent de rapprocher les 2 services pour optimiser la gestion et l’exploitation des bâtiments de l’établissement.
Le service immobilier et aménagement de l'Université Fédérale a pour mission de favoriser la modernisation du site universitaire toulousain et de soutenir la mutualisation d'infrastructures immobilières.
Il est tout particulièrement chargé de la mise en œuvre du projet d’immobiliers et d’aménagements « Toulouse Campus ».
> les opérations Toulouse Campus
Ce service est également en charge pour l'Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées des actions en termes de développement durable
> les actions "éco-campus"