Un comité de pilotage partenarial et des comités techniques sont à la gouvernance de l'opération "Toulouse Campus".
Ils sont composés des représentants des six membres fondateurs de l'Université de Toulouse, de deux représentants des membres associés, des représentants de l'Université de Toulouse, des représentants du Rectorat, des représentants des collectivités territoriales suivantes : Conseil Régional Midi-Pyrénées, Conseil Général Haute-Garonne, CUGT et SICOVAL.
Les études réallisées dans le cadre de l'Opération Toulouse Campus reflètent les principaux axes de travail des comités techniques.