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Novembre 2015
 

Un séquenceur unique en France s’installe à l’Inra de Toulouse Midi-Pyrénées

 
INRA Programme sunrise

Accélérer l’identification de régions d’intérêt de plantes comme le tournesol ou de parasites comme l’Orobanche cumana (1) pour mieux comprendre leurs mécanismes de résistance et d’attaque, nécessite l’acquisition d’un matériel de pointe.

Impulsé par plusieurs équipes de recherche (2) du centre Inra de Toulouse Midi-Pyrénées dans le cadre du Projet Investissement d’Avenir SUNRISE (3) , et soutenu par la Région Midi-Pyrénées et les partenaires industriels Sofiprotéol et Libragen, un séquenceur d’ADN longs fragments de toute dernière génération, le PacBio RS II, est aujourd’hui disponible au sein de la plateforme de génomique GeT-PlaGe de la Génopole de Toulouse (4).

Grâce aux avancées technologiques de ces 20 dernières années, les laboratoires de recherche peuvent désormais acquérir l’information génétique ou génome (5) de n’importe quel organisme. En fonction de sa complexité, il est plus ou moins facile de reconstituer et d’identifier le catalogue de gènes qui le constitue. Cette étape de décryptage est essentielle car la comparaison des catalogues de gènes d’organismes proches mais ayant des caractéristiques légèrement différentes est la stratégie-clé pour identifier les gènes responsables d’une propriété d’intérêt (comme la résistance à une maladie, la teneur en protéine ou la tolérance à la sécheresse).

Le PacBio RS II, séquenceur à haut débit de 3e génération permet d'obtenir dans des délais très courts (quelques jours contre plusieurs mois), des résultats d’une qualité inégalée sur le génome entier d’une espèce ainsi que sur des zones ciblées, ouvrant ainsi un champ nouveau d'applications pour l'activité de services génomiques dans les domaines de l’agronomie, l’écologie, la médecine ,…

1Orobanche cumana : parasite se fixant sur les racines de tournesol, provoquant d'importants dégâts dans les pays producteurs. Sa présence est avérée en France et notamment dans la Région Midi-Pyrénées depuis 2009.
2 Équipe Tournesol et Bioinformatique du LIPM, Laboratoire Interactions Plantes Microorganismes (Inra-CNRS), la plateforme de génomique GeT-Plage et le Centre National de Ressources Génomiques (CNRGV)
3 PIA SUNRISE : Projet de 21M€ réunissant 16 partenaires qui a pour objectif l’amélioration de la production d’huile de tournesol en condition limitante en eau.
4 Génotoul : Réseau régional de plateformes en sciences du vivant ouvertes aux équipes de recherche publiques et privées
5 Génome : ensemble du matériel génétique d’un organisme.

 

En savoir plus : consulter le communiqué de presse

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